„Eskadrila za obuku pilota helikoptera“ osnovana je 08. ožujka 1996. godine završetkom Domovinskog rata, nakon ukazane potrebe za školovanjem pilota helikoptera u sastavu Hrvatskog ratnog zrakoplovstva. Ista je djelovala u zrakoplovnoj bazi Lučko i bila je opremljena helikopterima Mi-8. Već u veljači 1997. godine eskadrila je premještena u tadašnju 93. zrakoplovnu bazu (današnje 93. krilo) i opremljena helikopterima Bell 206B Jet Ranger III, a u travnju mijenja naziv u „Eskadrila helikoptera“.
U studenom 2019. godine novim ustrojem Hrvatskog ratnog zrakoplovstva sve eskadrile dobivaju i jedinstveni broj generiran iz povijesno-lokacijskih naziva postrojbi ratnog zrakoplovstva pa Eskadrila helikoptera postaje 393. eskadrila helikoptera.
Misija 393. eskadrile helikoptera godinama je bila isključivo provoditi izobrazbu kadeta-pilota na helikopteru Bell 206B Jet Ranger III te obuka nastavnika letenja, ali i pružanje zrakoplovne potpore drugim granama i sastavnicama Oružanih snaga Republike Hrvatske (Hrvatska kopnena vojska, Hrvatska ratna mornarica, Zapovjedništvo specijalnih snaga), pružanje pomoći civilnim strukturama i ostale zadaće po zapovijedi nadređenih zapovjedništava kao što su protupožarna zaštita, VIP prijevoz, potpora međunarodnim vojnim vježbama, traganje i spašavanje, razminiravanje…
Važno je naglasiti da je ova eskadrila od osnutka do danas školovala baš sve hrvatske vojne pilote helikoptera, ali i nekoliko pilota iz Bosne i Hercegovine, Sjeverne Makedonije i Republike Češke.
Do sada je u eskadrili uspješno odškolovano 23 naraštaja pilota i 12 naraštaja nastavnika letenja.
U prosincu 2016. godine 393. eskadrila helikoptera je opremljena sa 16 novih izvidničko-borbenih helikoptera OH 58D Kiowa Warrior.
U 2018. godini 393. eskadrila helikoptera se zbog novog sredstva i sposobnosti počinje integrirati s drugim granama Oružanih snaga Republike Hrvatske, a uspjeh potvrđuje i deset združenih vježbi kroz 2019. godinu.